Tra i secoli XV e XVI anche nel Persicetano si estese la coltivazione e la lavorazione artigiana della canapa, vennero introdotte inoltre nuove culture (riso, gelso e granoturco) ed aumentò la concentrazione della proprietà terriera.
Si consolidò di conseguenza il sistema mezzadrile limitato solo dall'esistenza dei partecipanti.

Il territorio persicetano fu spesso attraversato durante il sec. XVI da eserciti stranieri con dure conseguenze, in quel periodo sorse l'istituto della Partecipanza e si diede vita alla novennale ripartizione delle parti, ma il centro urbano subì un processo di impoverimento, pur mentenendosi florido, il mercato settimanale del mercoledì grazie ad antichi privilegi. Relativamente al governo locale si instaurò l'oligarchia di alcune famiglie strettamente fedeli alla Chiesa e sottomesse sia al Reggimento bolognese che al Legato pontificio.

Nei due secoli successivi si ebbe un notevole sviluppo edilizio prevalentemente all'interno delle mura del castello; scomparvero via via i numerosi 'broletti" (i piccoli orti) tra le case e lasciarono il posto a nuove costruzioni.
Per lo scopo furono abbattuti antichi edifici medievali, mentre altri furono irrimediabilmente modificati; vennero costruiti chiese e conventi e tra le altre fu costruita la collegiata dopo la demolizione della medievale pieve.

Sulle fondamenta dell'antica rocca fu realizzato l'Ospedale del SS. Salvatore, ora sede dell'Archivio storico e della Biblioteca comunale "G. G. Croce" e ), fu inoltre edificato il teatro comunale.
L'amministrazione incapace e negligente dei Legati Pontifici condizionò purtroppo negativamente lo sviluppo dell'economia agraria; mentre in altre zone della Pianura Padana si avviarono processi innovativi che portarono nella seconda metà del '700 ad una rivoluzione agronomica, a Persiceto tutto restò paralizzato.

E' nel '700 che nell'area persicetana è già possibile individuare fenomeni di protoindustria rurale: fin da quei secoli lontani i Persicetani coltivarono e lavorarono la canapa.
Nel '700 al mercato settimanale affluiva anche la produzione di canapa proveniente da altri luoghi come Cento e Crevalcore, assieme alla produzione locale di tele, tanto che il relativo commercio fu contemplato nei bandi:
"Sopra il regolamento della Piazza, e Mercato della Terra di S. Giovanni in Persiceto"
Le tele eccedenti la domanda locale, venivano esportate soprattutto a Venezia, così come gli altri prodotti agricoli.

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Cenni storici su Persiceto e San Giovanni Persiceto

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