Nel 1796, durante il periodo napoleonico, le parrocchie del territorio persicetano e di Sant'Agata furono aggregate formarando quattro cantoni; la nuova Municipalità di S. Giovanni in Persiceto per breve tempo fece parte del Dipartimento dell'Alta Padusa con Cento come capoluogo, poi Persiceto divenne capoluogo della Municipalità distrettuale del Samoggia.
Tra il 1798 e il 1799 la vita della comunità fu turbata da saccheggi e tumulti, requisizioni ed altri disordini.
Dopo il ritito dei francesi e cisalpini della fine del 1799, il Persicetano fu invaso dagli austrorussi che restaurarono immediatamente l'antico regime, tutto durò però poco tempo e nel luglio 1800 era già ripristinata la Municipalità distrettuale del Samoggia.

Nel 1802, dopo la costituzione della Repubblica italiana, S. Giovanni in Persiceto tornò a dipendere da Cento, dove fu istituita una Vice Prefettura. Nel marzo del 1805, con la costituzione del Regno d'ltalia, tornò la quiete nel territorio persicetano, almeno fino al 1814 quando venne turbata dalla caduta di Napoleone; nel luglio 1815, fu restaurato il governo pontificio.

Nel ventennio dal 1796 al 1815, cambiarono strutture amministrative e denominazioni a Persiceto ma le solite famiglie continuarono a ricoprire le cariche pubbliche, evidentemente fornite di una particolare capacità di adattamento.
Nello stesso periodo, con l'abolizione delle decime e dei privilegi feudali e la confisca e la vendita delle terre ecclesiastiche, si verificò l'accumulazione del patrimonio fondiario; si estese la coltura del riso con la conseguente crisi del sistema mezzadrile e la formazione del bracciantato.

Dopo la restaurazione del potere pontificio furono eseguiti notevoli lavori per il miglioramento edilizio del "castello", che nel 1838 ottenne dal papa Gregorio XVI il titolo di città.
Nel 1857 i Persicetani ricevettero anche la visita di Pio IX; che anche a Persiceto serpeggiavano segretamente gli ideali liberali e l'aspirazione all'indipendenza e all'unità
nazionali.

Anche alcuni giovani di Persiceto parteciparono come volontari alle guerre d'indipendenza, ed ancor prima dell'annessione della nostra regione al Regno di Sardegna, ma quando fu imposta di nuovo dal governo nazionale l'odiosa tassa sul macinato, il 7 gennaio 1869 Persiceto fu teatro di una memorabile ribellione dei contadini. Colpi di scure di quei moti sono ancora visibili nelle porte del portico di Corso Italia, Strada Maestra, di fronte alla drogheria Vancini.
E' in quegli anni che alcune botteghe artigiane si ampliano, trasformandosi in fabbriche che occupavano centinaia di operai. Ad esempio, i fabbri chiodaroli diventarono imprenditori, come i Cotti e produssero letti e mobili in ferro che varcarono i confini d'Italia, tanto che Persiceto meritò il nome di piccola Manchester dell'Emilia.
Verso la fine dell'Ottocento si diede spazio all'istruzione pubblica. L'insegnamento tradizionale classico fu sostituito da una scuola tecnica, sorse la Società di Mutuo Soccorso fra gli operai e artigiani e nel Carnevale 1874 apparirono i primi corsi mascherati; nel 1876 fu costituita la Società Ginnastica Persicetana e nel 1877 fu aperta al pubblico la Cassa di Risparmio; solo dieci anni dopo, nel 1887, fu inaugurato il tratto Bologna/Persiceto della linea ferroviaria Bologna/Verona.
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